Ein Großteil des Abraums wird auf den Baustellen zur Betonherstellung verwendet und kehrt als Auskleidungsmaterial wieder in den Berg zurück. Mit etlichen Millionen Tonnen wurden im Urner See einige künstliche Inseln für Erholung und Naturschutz aufgeschüttet.
Der Gotthard-Basistunnel ist das Kernstück der Neuen Eisenbahn-Alpen-Transversale (NEAT), zu der auch der sich im Süden anschließende Ceneri-Tunnel (15 Kilometer) und der bereits 2007 fertig gestellte Lötschberg-Tunnel (35 Kilometer) gehören. Sie sollen dafür sorgen, dass sich ein Großteil des Güterverkehrs in Zukunft auf der Schiene abspielt. Die Zahl der Lkw-Transporte durch die Schweiz hat über die Jahre so zugenommen, dass der Gotthard-Straßentunnel und auch die 1882 eröffnete Gotthardbahn an ihre Grenzen stoßen. Fahren heute auf der Bergstrecke 140 bis 180 Güterzüge pro Tag, kann die neue Alpentransversale bis zu 260 Züge verkraften, die zudem länger und schwerer sein können. Die Transportkapazität auf der Schiene wird sich von heute 20 Millionen Tonnen auf über 40 Millionen Tonnen pro Jahr mehr als verdoppeln.